Het jeugdkoor Clari Cantus werd in januari 1990 als gelijkstemmig koor opgericht. Zo werd voor de zangertjes van het kinderkoor Clari Cantuli – precies een jaar eerder opgericht- de mogelijkheid tot doorstroming gecreëerd. De eerste jaren leidde Jan Haspeslagh deze prille jeugdgroep.
In september 1992 nam Ria Vanwing de leiding over en maakte er een gemengd jeugdkoor van. In de daarop volgende jaren werd Clari Cantus een trouwe gast op het Europees Muziekfestival voor de Jeugd in Neerpelt en behaalde daar maar liefst negen keer op rij een eerste prijs Cum Laude. In 1999 werden ze finalist van de prestigieuze koorwedstrijd ‘Koor van het Jaar’.
Met hun deelname in 1996 aan het eerste Europa Cantat Junior-festival in Hongarije startte ook de Clari Cantus-traditie om hun horizon te verruimen door regelmatig deel te nemen aan grote internationale koorfestivals met de daarbij horende verrijkende koorateliers en de vele concertmogelijkheden. Als concertkoor werd en wordt Clari Cantus in binnen- en buitenland bijzonder geapprecieerd.
In januari 2010 nam Michiel Haspeslagh de leiding van Clari Cantus over van zijn moeder, Ria Vanwing, een logische wissel. Van bij de start zong Michiel nl. mee in Clari Cantuli en aansluitend in Clari Cantus. Datzelfde jaar leverde het eerste Clari Cantus aantreden onder zijn leiding op het EMJ in Neerpelt alweer een eerste prijs Cum Laude op.
Het behalen van de titel ‘Jeugdkoor van het Jaar’ met daar bovenop de prijs ‘Koor van het Jaar’ op 2 april 2011, bevestigde dat de dirigentenwissel geslaagd was en de toekomst verzekerd. Het beste bewijs dat deze overwinning terecht was (geen eendagsvlieg was) kon de Stad Leuven ervaren tijdens hun gesmaakte uitvoering van het Requiem van John Rutter op de jaarlijkse V-dag herdenking in de Sint-Pierskerk op 5 mei 2012.
In september 2014 viel Clari Cantus eveneens de eer te beurt om in de iconische Londense Royal Albert Hall als Belgische delegatie – samen met één Frans, één Duits en 19 Engelse jeudkoren – het overweldigende koor te vormen in de uitvoering van ‘The Armed Man- a Mass for Peace’ van Karl Jenkins. Dit concert, samen met het toporkest ‘London Philharmonia Orchestra’ en in aanwezigheid van de componist, blijft nog steeds één van de recentere hoogtepunten.
In februari 2015 behaalde Clari Cantus de hoofdprijs ‘beste uitvoering van een hedendaagse Scandinavische compositie’ op het Georgy Teratsuyants International Choir Festival in Petrozavodsk, Rusland. Weer op vraag van stad Leuven n.a.v. de herdenking van V-dag, vertolkten Clari Cantus en Clari Cantores samen met Frascati op 6 mei 2017 o.a. een indrukwekkende en beklijvende versie van het Requiem van Gabriel Fauré.
